13 séquences chronologiques, introduites par un objet phare emblématique de la ville, jalonnent le parcours du Musée d'Histoire de Marseille, des premières occupations préhistoriques aux développements urbains contemporains. Elles se déploient à travers un fil d'Ariane qui est celui de l'histoire du port, autour du site archéologique de la Bourse, véritable salle à ciel ouvert.